Тихо и незаметно - по большей части благодаря  Illi - мой head canon окончательно смещается в пользу того, что Доктор сбежал с Галлифрея все-таки раньше ссоры с Мастером. Сбежать из-за битья тарелок с другом - это, конечно, хороший драматизаторскийческий ход, но никто так и не смог придумать убедительного обоснуя, почему же они тогда поссорились. И если до, а не после, то история становится и более запутанной, и более интересной. Тогда получается, что глобальная ссора произошла как раз из-за этого побега: Доктор мог и не "сознательно" бросить Мастера, он вполне мог просто не подумать, с его-то - временами - повадками слона в посудной лавке в эмоциональном плане. Стукнуло ему что-то и свалил. А Мастер соответственно расценил это как предательство. Плюс к этому - концепция того, что Доктор мог служить "сдерживающим фактором", после исчезновения которого у Мастера окончательно рухнула надежда (да и желание) на хоть какую-то нормальную коммуникацию со вселенной.
Можно задавать очень много вопросов по поводу каноничности некоторых источников вроде книг и аудиодрам, но мне все же кажется, что, по крайней мере, поначалу, именно у Доктора должна быть очень весомая личная провинность перед Мастером.